SCHRONISKO AMBAHIVORAKA
Pierwszym miejscem, gdzie skierował go malgaski przełożony, było Ambahivoraka, położone ponad 20 km od stolicy Madagaskaru Antananarivo. W ciągu niespełna czterech lat Ojciec Beyzym rozbudował to schronisko. Wzrosła też liczba trędowatych, którymi dotychczas nikt się nie zajmował. Można powiedzieć, że trudne warunki życia w tym miejscu były przez władze Madagaskaru z góry przewidziane. Nie zwracano uwagi na panującą w schroniskach dla trędowatych sytuację. Najwyraźniej chodziło o szybkie eliminowanie chorych. Trędowatych nie uważano za ludzi. Byli bardzo źle traktowani, stłoczeni w ciasnych pomieszczeniach, z dziurawym, przeciekającym dachem, niedożywieni, by jak najszybciej skończyli swój żywot. Przybycie Ojca Jana w 1898 roku było dla nich jak „promyk słońca, który nagle rozjaśnił ciemności rozpaczy i beznadziei”. Ojciec Beyzym zamieszkał wśród nich, opiekował się nimi jak dobry ojciec troszczący się o swoje dzieci. Zbierał jałmużnę, by ich nakarmić i uratować przed śmiercią głodową. Pochylał się nad ich ranami i niczym dobry Samarytanin opatrywał je. Jego praca misyjna wśród trędowatych nie polegała tylko na okazywaniu im miłosierdzia i niesieniu doczesnej pomocy. Ojciec Jan był misjonarzem i kapłanem. Przyjechał do nich także po to, by głosić im miłosiernego Chrystusa. Nauczał ich więc i katechizował, sprawował dla nich Msze św. i udzielał im innych sakramentów.
Niestety, schronisko Ambahivoraka zostało zlikwidowane, a trędowaci przeniesieni do rządowego schroniska w Ambohidratrimo. Władze kolonialne otwarły to schronisko w 1900 roku i powierzyły je siostrom franciszkankom misjonarkom Maryi. Siostry pracowały tam do roku 1906, kiedy schronisko to także zostało zlikwidowane przez władze cywilne, a 700 trędowatych przeniesiono do schroniska Manankavaly, w regionie Antananarivo. Schroniska dla trędowatych były władzom bardzo nie na rękę. W 1901 roku, po trzech latach samarytańskiej działalności, Ojciec Beyzym musiał również opuścić likwidowane schronisko Ambahivoraka. Przełożeni skierowali go wówczas do Marany koło Fianarantsoa, ok. 400 km na południe od stolicy kraju. Tam również byli trędowaci, którym raz w tygodniu br. Alexis Dursap SJ dostarczał skromne racje ryżu.